這篇文章給大家分享的是有關(guān)TSCD數(shù)據(jù)庫有什么用的內(nèi)容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。

目前創(chuàng)新互聯(lián)已為上千家的企業(yè)提供了網(wǎng)站建設(shè)、域名、雅安服務(wù)器托管、網(wǎng)站托管、服務(wù)器租用、企業(yè)網(wǎng)站設(shè)計、元江縣網(wǎng)站維護等服務(wù)，公司將堅持客戶導(dǎo)向、應(yīng)用為本的策略，正道將秉承"和諧、參與、激情"的文化，與客戶和合作伙伴齊心協(xié)力一起成長，共同發(fā)展。

TSCD是Tissue-Specific CircRNA Database的簡寫,通過軟件預(yù)測人和小鼠不同組織中的環(huán)狀RNA,然后去尋找組織特異性的環(huán)狀RNA。該數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下

http://gb.whu.edu.cn/TSCD/

從ENCODE和GEO這兩個公共數(shù)據(jù)庫中收集人和小鼠不同組織的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，然后利用以下3款軟件識別其中的環(huán)狀RNA

1. find_circ

2. CIRI

3. circRNA_finder

選取三款軟件的并集作為最終的結(jié)果,為例降低假陽性率，只保留junction reads個數(shù)大于2的環(huán)狀RNA。采用上述策略檢測到所有組織中的環(huán)狀RNA之后，接下來就可以識別組織特異性的環(huán)狀RNA。

該數(shù)據(jù)庫中,將只在某一個組織中表達的環(huán)狀RNA定義為組織特異性的環(huán)狀RNA, 簡稱TS circRNA,示意如下

識別到TS circRNA之后，后續(xù)還進行了以下3種分析

• 篩選表達量高的TS circRNA, 對其來源基因進行GO富集分析

• 預(yù)測miRNA結(jié)合位點，從環(huán)狀RNA頭尾各取50bp序列，用targetscan來預(yù)測這100bp序列上的miRNA結(jié)合位點

• 預(yù)測蛋白結(jié)合位點，從starbase數(shù)據(jù)庫下載CLIP-Seq的數(shù)據(jù)，同樣分析頭尾個50bp區(qū)域上的蛋白結(jié)合位點

將以上所有的結(jié)果整合起來，就構(gòu)建成了TSCD數(shù)據(jù)庫，整個數(shù)據(jù)庫構(gòu)建的流程示意如下

官網(wǎng)提供了不同基因組版本供我們查閱，示意如下

點擊Gene Symbol,可以查看該環(huán)狀RNA在不同組織中的表達量，示意如下

點擊MRE可以查看環(huán)狀RNA可以結(jié)合的miRNA,示意如下

點擊RBP可以查看環(huán)狀RNA可以結(jié)合的蛋白,示意如下

該數(shù)據(jù)庫不僅提供了一個環(huán)狀RNA的集合，還提供了MRE,RBP等對應(yīng)的功能注釋信息。

感謝各位的閱讀！關(guān)于“TSCD數(shù)據(jù)庫有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學(xué)到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！

本文名稱：TSCD數(shù)據(jù)庫有什么用
當前URL：http://www.ekvhdxd.cn/article18/gcohdp.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供網(wǎng)站內(nèi)鏈、服務(wù)器托管、微信公眾號、商城網(wǎng)站、網(wǎng)站策劃、定制網(wǎng)站

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶投稿、用戶轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請盡快告知，我們將會在第一時間刪除。文章觀點不代表本網(wǎng)站立場，如需處理請聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時需注明來源： 創(chuàng)新互聯(lián)