如何解決Richness和Chao計算的兩個基本問題

今天給大家介紹一下如何解決Richness和Chao計算的兩個基本問題。文章的內容小編覺得不錯，現(xiàn)在給大家分享一下，覺得有需要的朋友可以了解一下，希望對大家有所幫助，下面跟著小編的思路一起來閱讀吧。

成都創(chuàng)新互聯(lián)公司主要從事成都做網(wǎng)站、網(wǎng)站建設、網(wǎng)頁設計、企業(yè)做網(wǎng)站、公司建網(wǎng)站等業(yè)務。立足成都服務新泰,10年網(wǎng)站建設經(jīng)驗,價格優(yōu)惠、服務專業(yè),歡迎來電咨詢建站服務:13518219792

1.Richness和Chao為啥不能取平均？

比如一個樣方取了3個樣本作為重復。在算richness和Chao的時候，很多人都是把這三個樣本分開算，得到3個值，取個平均作為這個樣方的richness和Chao。

但其實這樣做是錯誤的!

正確的做法應該是這三個樣本的OTU相加，得到的和再計算richness和Chao。這樣結果才最接近真實值。正因為要求和，才不存在平均值，也就自然不存在誤差線以及出現(xiàn)小數(shù)的情況。

但是在進行統(tǒng)計檢驗的時候，如兩個樣方每個三個樣本，檢驗兩個樣方之間群落的物種數(shù)是否存在顯著差異。事實上還是得3個樣本分開算richness，這樣才能做統(tǒng)計檢驗。

因此在計算richness和統(tǒng)計檢驗的時候，用的是兩種不同的策略。

進一步外推，對于所有的alpha多樣性指數(shù)，如shannon, simpson等，其實都會存在這個問題。

2. Chao也和測序深度相關，為啥Chao要用原始數(shù)據(jù)算而不用resample的數(shù)據(jù)算？

關于Chao也和測序深度相關，這里需要先挖一個坑，以后解答。

這樣算是因為用原始數(shù)據(jù)得到的Chao更接近真實值。雖然原則上需要先進行resample，消除不同樣本之間測序深度的差異再計算才有可比性。但是這樣的結果離真實值差距更大。因此可能樣本之間由于測序深度差異較大，得到的Chao差異也很大。

以上兩個問題的核心都是如何計算得到的值更接近真實值。這樣必然會在其他地方做出犧牲。

第一個問題在統(tǒng)計檢驗的時候會不準確，即原理上不能檢驗不同樣方之間alpha多樣性是否存在顯著差異,因為檢驗之前按照樣方內多個樣本單獨計算的alpha多樣性就不準。

第二個問題在比較不同樣本之間Chao的時候會存在錯誤的結果。Chao的高低可能是測序深度導致的，而不是群落本身。

以上就是如何解決Richness和Chao計算的兩個基本問題的全部內容了，更多與如何解決Richness和Chao計算的兩個基本問題相關的內容可以搜索創(chuàng)新互聯(lián)之前的文章或者瀏覽下面的文章進行學習哈！相信小編會給大家增添更多知識,希望大家能夠支持一下創(chuàng)新互聯(lián)！

本文名稱：如何解決Richness和Chao計算的兩個基本問題
本文路徑：http://www.ekvhdxd.cn/article48/pooehp.html

成都網(wǎng)站建設公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供網(wǎng)頁設計公司、做網(wǎng)站、網(wǎng)站制作、虛擬主機、動態(tài)網(wǎng)站、網(wǎng)站排名

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內容（圖片、視頻和文字）以用戶投稿、用戶轉載內容為主，如果涉及侵權請盡快告知，我們將會在第一時間刪除。文章觀點不代表本網(wǎng)站立場，如需處理請聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內容未經(jīng)允許不得轉載，或轉載時需注明來源：創(chuàng)新互聯(lián)

猜你還喜歡下面的內容

午夜无码人妻aⅴ大片色欲张津瑜,国产69久久久欧美黑人A片,色妺妺视频网,久久久久国产综合AV天堂

如何解決Richness和Chao計算的兩個基本問題